跨区域劳务派遣的纳税方式如下：，，1. **用工单位代缴**：若劳务派遣单位在用工单位所在地未设分支机构，由用工单位作为扣缴义务人。，，2. **设立机构自缴**：若设有分支机构，则由分支机构负责缴纳。，，3. **差额纳税选择**：一般纳税人和小规模纳税人可选择差额纳税方法，以全部价款扣除工资、福利等后的余额为销售额，按5%征收率计算增值税。，，跨区域劳务派遣的纳税需根据是否设立分支机构及纳税人类型选择不同的纳税方式。
跨区域劳务派遣纳税问题涉及到多个税种，包括个人所得税、增值税和企业所得税，以下将详细介绍这些税种的具体纳税方式和相关政策：
一、个人所得税
1、工资薪酬的支付方：实际支付给被派遣劳动者劳动报酬的单位或个人为个人所得税扣缴义务人，如果被派遣劳动者在派遣单位和用工单位两方都取得了工资薪酬收入，那么实际支付的单位或个人为扣缴义务人，之后纳税人还需要自行申报。
2、跨地区派遣：劳务派遣单位在用工单位所在地设立分支机构的，以分支机构为扣缴义务人；未设立分支机构的，以用工单位为扣缴义务人，对于建筑安装业的特殊性，总承包企业和分承包企业通过劳务派遣公司聘用劳务人员跨省异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由劳务派遣依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。
二、增值税
1、一般计税方法：一般纳税人和小规模纳税人提供劳务派遣服务，以取得的全部价款和价外费用为销售额，分别按一般计税方法和3%的征收率计算缴纳增值税。
2、差额纳税方法：可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险以及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
3、案例分析：甲公司是用工单位，向乙劳务派遣公司支付100万元，其中80万元为甲公司支付给劳务派遣员工的工资、福利和社会保险及住房公积金，选择一般计税方法6%，乙劳务派遣公司应缴纳税额=1000000/（1+6%）*6%=56603.77元；选择差额计税方法，乙劳务派遣公司应缴纳税额=1000000800000（支付给劳务派遣员工的工资后）=200000/（1+5%）*5%=9523.81元。
三、企业所得税
1、用工单位的处理：企业接收外部劳务派遣用人所实际发生的费用，应分两种情况按规定在税前扣除：按照协议约定直接支付给劳务派遣公司的费用，作为劳务费支出；直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金的支出和取得福利费支出，其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项费用扣除的依据。
2、小型微利企业的认定：符合条件的小型微利企业，是指从事国家非限制和禁止行业，并符合下列条件的企业：单位年应纳税所得额不超过300万元，从业人数不超过300人，资产总额不超过5000万元。
四、税收风险
1、科目管理错误：用工单位将应作为劳务费支出或者职工福利费支出的部分计入工资薪金支出。
2、重复税前扣除：派遣公司仅将从用工单位取得的全部价款减去代收被派遣劳动者工资、社保及住房公积金后的余额确认收入，但又将支付给被派遣劳动者的劳动报酬税前扣除。
3、未履行代扣代缴义务：工资薪金支付方未履行代扣代缴义务。
4、适用错误的税目和税率：扣缴义务人适用错误的税目，扣缴费用以及税率，代扣代缴错误的税额。
五、开票问题
1、差额开票：通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额；备注栏自动打印“差额征税”字样。
2、一张普票+一张专票：普票为向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用；专票管理费的收入。
3、：“人力资源服务”劳务派遣服务；“人力资源服务”工资及社保费。
跨区域劳务派遣纳税涉及个人所得税、增值税和企业所得税等多个税种，需要根据具体情况选择合适的纳税方式，并注意避免税收风险，开票问题也需要根据相关规定进行操作。
